1989— 1994 — эпоха предпринимательства

С 1980-х годов в Москве, на улице Погодинской, работает Психологический центр («Центр на Погодинке»). Он объединяет учёных-психологов, которые, желая помогать людям, проводят бесплатные индивидуальные и семейные консультации. В этом центре работает профессор и будущий основатель ЭКОПСИ Владимир Столин. Именно в Центре на Погодинке возникает идея будущей компании.
В 1989 году Владимир Викторович Столин регистрирует компанию ЭКОПСИ, соединяя в самом названии организации две области: психологию и экономику. Одна из первых в позднем Советском Союзе, ЭКОПСИ начинает проводить тренинги для руководителей предприятий. Программы обучения посвящены разным темам: навыкам публичного общения, командного взаимодействия и т.д. Форма обучения — интерактивная: упражнения выстраиваются так, чтобы создавать групповую динамику.

1994—1998 — эпоха психологических глубин

Владимир Столин уезжает учиться в Америку, а генеральным директором ЭКОПСИ становится профессор и психолог Марина Мелия. В это время эксперты ЭКОПСИ начинают проводить оценку персонала, семинары по миссии и стратегии компаний, консультации по становлению региональных филиалов, взаимодействию между сотрудниками. Главным продуктом того периода становится глубинный психологический ассессмент.

1998—2014 — эпоха индустриальных проектов

Владимир Столин возвращается в Россию и привозит идею ассессмент-центра, которая вскоре успешно реализуется в работе с крупнейшими компаниями. Клиентами ЭКОПСИ становятся ЮКОС, Роснефть, РЖД и многие другие. Для ассессмент-центра нужны наблюдатели — в ЭКОПСИ приходит много молодых людей, работающих в компании по сей день, среди них управляющий партнёр Павел Безручко, Вероника Луцкина и другие.

2015—2023 — эпоха технологий

ЭКОПСИ активно и успешно развивает направление автоматизации HR процессов. В это время создаётся методология DEEP для выявления профиля компетенций эффективных сотрудников, разрабатывается платформа для опросов и тестирования Linkis, появляются легендарные тесты оценки PiF, опросник выгорания FADE и многие другие проекты. В фокусе внимания также остаётся и глубинный психологический ассессмент, и масштабные проекты для лидеров отраслей. В 2016 году была сформирована компания «Индастри консалтинг», которая легла в основу управленческого консалтинга в ЭКОПСИ и выросла сразу в несколько практик: стратегический консалтинг, развитие производственных систем, производственная безопасность и создание эффективных моделей управления организацией.